Descrizione

BioDec, nata nel 2002, è stata la prima azienda italiana di bioinformatica e si occupa di progettazione e realizzazione di infrastrutture IT. La bioinformatica e l’high-throughput computing sono le competenze principali, affiancate da consulenza e formazione sulle metodiche DevOps. Fin dalla fondazione, BioDec ha scelto di usare esclusivamente software liberi e standard aperti.

LA PIATTAFORMA BIODEC BIP
La piattaforma bioinformatica BioDec (BioInfo Platform – BIP) è un insieme di programmi per costruire un cluster di calcolo per Next-Generation Sequencing (NGS) e bioinformatica. Le moderne tecniche NGS consentono di accumulare una grande quantità di dati in modo semplice e a costi contenuti: questo consente ai ricercatori di eseguire analisi e simulazioni altrimenti impossibili, utilizzate per la progettazione di farmaci, la ricerca sui vaccini e la diagnostica e terapia medica, per esempio in terapia genica.
IL SISTEMA LTSAR
Il BIP utilizza un gestore di metapacchetti proprietario BioDec, detto LTSAR (Long-Term Software Archive and Reproduction System), per l’archiviazione e la riproduzione di software di bioinformatica e applicazioni NGS, consentendo la riproducibilità dei risultati nel tempo. Il sistema consente, inoltre, di riprodurre le esatte pipeline software utilizzate anni prima: il tipico caso d’uso è creare un ambiente con software che era in produzione anni prima, ma che ora si riferisce a pacchetti, o librerie, non più disponibili su Internet.

 

Indirizzo:

Via Calzavecchio, 20/2 - 40033 Casaleccho di Reno (BO)

I Clust-ER sono finanziati dai Fondi europei della Regione Emilia-Romagna - POR FESR 2014-2020